أهم المجالات التي يؤهل قسم الهندسة الطبية طلابه عليها ويجب أن يكونوا عند التخرج قادرين على العمل فيها:
1. التجهيزات الطبية بمختلف مجالاتها من حيث مبدأ العمل والاستثمار والصيانة الوقائية.
2. وضع دفاتر الشروط الفنية لشراء تجهيزات جديدة.
3. استلام التجهيزات الطبية ومطابقتها مع الشروط الفنية المحددة.
4. معايرة التجهيزات الطبية والتأكد من سلامة عملها.
5. تطوير التجهيزات الحالية حسب رؤية طبية جديدة.
6. معالجة الصور الطبية وأنظمة التصوير الطبي.
7. تصميم وتطوير تجهيزات جديدة لحاجة لم تكن مطروحة سابقًا.
8. إدارة التجهيزات الطبية في المشفى من حيث تدريب الكوادر الطبية والفنية وإنشاء ملفات خاصة بالتجهيزات الطبية بما يخدم العملية الإدارية للمشفى.
9. الإشراف والمشاركة في تصميم المشافي ومراكز الرعاية الصحية مع باقي الفريق الهندسي من باقي الاختصاصات لتلبية الاحتياجات المعيارية الدولية بما يخدم رفع مستوى الرعاية الطبية.
10 . تأهيل الكادر الهندسي بالشكل الأمثل ليكون عنصر فعال في إدارة المشفى ولجان جودة الرعاية الصحية.
11 . كافة الدراسات والبحوث المتعلقة بالميكانيك الحيوي وتحليل حركة سير الإنسان.
12 . العمل في مجال تطوير الأطراف الصناعية والإشراف على تصنيعها.
13 . كافة الأعمال والدراسات المتعلقة بهندسة إعادة التأهيل لذوي الاحتياجات الخاصة.
14 . العمل في مجال المعلوماتية الطبية وتطوير التقنيات المعلوماتية والتطبيب عن بعد بما يخدم القطاع الصحي.
15 . إدارة النفايات الطبية والمخلفات الناتجة عن المراكز الصحية والمشافي.